LA PAZ ILUSORIA COMIENZA A FLAQUEARDiez años después de Operation Snake Eater: Al frente de un comando militar privado en Colombia, Snake recibe una visita de Costa Rica.
En 1964, tras salvar al mundo de una guerra nuclear devastadora, Naked Snake, un auténtico héroe, recibe el nombre de Big Boss, pero desaparece poco después de su ceremonia de nombramiento.
Diez años después, Big Boss está al frente de una unidad militar independiente en Colombia. Un día, recibe la visita de dos personas de Costa Rica, país sin milicia.
Tras la crisis de los misiles de Cuba, con Centroamérica como eje fundamental para mantener el equilibrio de poderes entre Oriente y Occidente, Costa Rica ha logrado mantener la paz de forma milagrosa.
Sin embargo, se han detectado actividades sospechosas de un misterioso grupo armado en la región.
Los visitantes solicitan la ayuda de Big Boss para investigar y eliminar al grupo armado.
Sin embargo, tiene dudas a la hora de aceptar la misión porque en la cinta que le han presentado estaba grabada la voz de The Boss, a quien habían dado por muerto.