En esta nueva aventura los jugadores de Pokémon escarlata y Pokémon púrpura viajan como alumnos de intercambio hasta la recientemente inaugurada Academia Arándano, una institución que está ubicada en su mayor parte bajo las aguas del océano y que se especializa en los combates pokémon. Mientras la Academia Naranja destaca por su rica y dilatada historia, la Academia Arándano ha abierto sus puertas hace poco tiempo y cuenta con el Biodomo, un lugar que contiene una serie de ecosistemas para que los pokémon puedan habitarlos. Hay un total de cuatro áreas, cada una con un clima y un ecosistema únicos.
En su objetivo de convertirse en los mejores entrenadores pokémon, los jugadores participarán en la Liga Arándano, donde los estudiantes de la Academia Arándano compiten unos contra otros para escalar en la clasificación. En la Academia Arándano también será posible participar en tareas extraescolares, que una vez completadas darán puntos arándano, la moneda que se usa en la academia. Los puntos se pueden emplear en varios lugares de las instalaciones así como para redecorar la sala del Club de la Liga. Además, existen tareas extraescolares donde los encargos se cumplen en grupo junto a los amigos.
A medida que avancen en su aventura por El disco índigo, los jugadores podrán usar un dispositivo llamado Sincromisor para ver el mundo a través de los ojos de un pokémon. Al sincronizarse con uno de los pokémon, será posible moverse de un lado a otro y combatir contra pokémon salvajes. Esta expansión también añade nuevos pokémon, incluyendo a Archaludon, Terapagos, Electrofuria, Ferrotesta, Hydrapple y Pecharunt, y recupera a muchos de los ya conocidos de generaciones como Bulbasaur, todo un clásico en la saga.
Por último, los pokémon legendarios Koraidon y Miraidon adquirirán el poder de volar, mientras que aquellos que regresen a la región de Paldea y visiten el Área Cero descubrirán una zona desconocida.