Las temporadas en Marathon durarán aproximadamente tres meses y cada una de ellas añadirá nuevo contenido, narrativa y características que cambiarán la forma de jugar, de aumentar el poder y de progresar. Bungie promete ofrecer un universo vivo donde la jugabilidad evolucionará a medida que transcurran las temporadas. Una parte del impulso llegará por parte de los jugadores con sus comentarios y el impacto que su actividad tenga en Tau Ceti IV a medida que vayan descubriendo qué sucedió en esta misteriosa colonia y en la UESC Marathon.
Las actualizaciones de temporada de Marathon serán temáticas, añadirán nuevas opciones de jugabilidad y una combinación de equipo, armazones de corredor, zonas, armas, implantes, mejoras, eventos y más. Todo se ofrecerá sin coste adicional debido a que nos encontramos ante un título prémium en el que no hay que adquirir expansiones ni contenido adicional. Es un modelo similar al de Helldivers 2.
Contenido inicial y poslanzamiento de Marathon.A lo largo de la temporada los jugadores completarán contratos y progresarán a través de su facción, accediendo de esta forma a unas estadísticas base más robustas y a mejores objetos en la armería. Además de saquear durante las incursiones hay que aumentar el nivel de poder. La idea es que con el tiempo recuperarse de una derrota sea más sencillo y crear la configuración ideal más accesible. A medida que los jugadores dominen la supervivencia y aumenten los recursos que tienen a su alcance, podrán enfrentarse a contratos, zonas y corredores más desafiantes. La clasificación marcará el riesgo y el nivel de recompensas.
Cada temporada de Marathon reinicia el progreso, ofreciendo de esta forma un nuevo comienzo a todos los jugadores. El reinicio incluye el equipo, la progresión de contratos, la progresión de facción y el nivel del jugador. Los logros, los objetos cosméticos (que se hayan pagado u obtenido), los títulos y otras recompensas que se consiguen jugando o alcanzando ciertos hitos cada temporada se conservan. También se mantiene el progreso del Códice donde se almacenan los secretos de Tau Ceti IV que se van descubriendo. Además, no será necesario desbloquear las facciones cada temporada.
La primera temporada de Marathon llamada First Step incluye eventos, mejoras de calidad de vida, ajustes de equilibrio, nuevos implantes y una nueva arma. La segunda recibe el nombre de Nightfall y entre sus novedades encontramos una versión nocturna del mapa Dire Marsh y nuevos sistemas que cambiarán la forma de jugar.