La historia de Ecos de Sekigahara se desarrolla a caballo entre el presente y los flashbacks a la época de Atsu en el continente. En esta aventura los jugadores conocerán a Nagato, una figura del pasado de Atsu que ha llegado a Ezo. "En el presente, exploraréis un valle nunca antes visto en el que antaño habitaban la Serpiente y su séquito de leales seguidores, las Víboras", explica Sucker Punch. "En el pasado, viviréis la experiencia de Atsu en la batalla de Sekigahara y un momento clave en su vida antes de que volviera a casa para emprender su misión de venganza".
Además de una nueva campaña, los jugadores pueden esperar nuevos enemigos, nuevas armas pesadas, nuevos conjuntos de armadura y nuevos tintes, entre otros contenidos.
Por otro lado, tenemos el modo de supervivencia de combate para un jugador llamado Más buscado, que es la versión de un roguelike de Sucker Punch. En este modo, los jugadores aceptan recompensas para empezar nuevas partidas, en las que tienen que derrotar a los enemigos para ganar ventajas y desbloquear personajes jugables adicionales. Como se puede ver en el tráiler que ameniza el texto, entre los héroes disponibles tenemos a Atsu, que domina la katana doble, Oyuki que destaca con la kusarigama y Nagato, que prefiere una yari. Más adelante se ofrecerán los detalles de este nuevo modo para Ghost of Yotei.
Además del juego base, la expansión y el modo supervivencia, Ghost of Yotei Edición Completa presenta todo el contenido del juego incluido previamente en la edición Digital Deluxe, así como el talismán de Hokkyokusei. También incluye nuevas pistas para el modo Watanabe que estarán disponibles durante todo el juego cuando el modo esté activado, así como nuevos sellos para el modo Foto, cosméticos adicionales para Nueva Partida+ y nuevos trofeos tanto para Ecos de Sekigahara como para Más buscado.
Para todos los jugadores de Ghost of Yotei, el 1 de octubre estará disponible una actualización que añadirá el nuevo modo Belleza que muestra una vista a modo de salvapantallas de los entornos de Ezo, y nuevas mejoras de calidad de vida, incluida la opción de mantener la apariencia de un set de armadura mientras se usan las estadísticas de otro, así como una nueva opción de accesibilidad de alto contraste.