Os comento lo que yo tengo entendido del par de temas que planteais.
Sobre declarar la venta de cosas de segunda mano. Para Hacienda tanto si eres particular como autónomo/empresa has de declarar todos los ingresos patrimoniales que tengas. Es decir, si vendes un juego de PS4 a 10€ debes declararlo en tu IRPF de la misma forma que si vendes un juego de Neo Geo de 2.000€, y luego Hacienda ya te pedirá el porcentaje que corresponda a tus ingresos anuales.
Esto a grueso modo, pero en la realidad a Hacienda se la suda los 10€ y puede que incluso los 2.000€ si son cosas 
puntuales: si haces esas ventas 4 o 5 veces al año no se puede considerar una actividad empresarial como tal así que olvidaros de impuestos de sociedades y esas cosas. Si acaso si vendes 10 juegos de Neo Geo a 2.000€ lo mejor es declararlo y apoquinar ese extra de IRPF, porque como Hacienda lo descubra el palo que te pega será de aupa. O jugartela a hacer el intercambio en callejones oscuros en billetes no consecutivos sin marcar...
Sin embargo si te dedicas a la compra-venta de juegos de forma continuada y sacas un beneficio significativo cada mes (600€ para arriba), entonces si que te conviene darte de alta de autónomo o empresa porque como Hacienda te pille te puede crujir bien de un multazo por no declarar la actividad empresarial. De hecho conviene hacerlo ya que a los ingresos descuentas los gastos en la compra de juegos y los beneficios serán menores, y por tanto menos impuestos a pagar.
Otra cosa es la Seguridad Social que te exigirá la cuota de autónomo, pero si los ingresos al mes son bajos (por debajo del SMI) no estas obligado a pagar la cuota, según algunas sentencias. Pero esto es mejor informarse con un gestor o abogado experimentado. Por defecto el funcionario de la ventanilla de la Seguridad Social os dirá que se debe pagar si o si.
En cuanto a si las compañías deben recibir un porcentaje de la venta de juegos de segunda mano, definitivamente no.
Una cosa es la propiedad intelectual y otra la copia y distribución.
El juego de Super Mario bros tiene una propiedad intelectual: sprites, diseño, gráficos, concepto, etc. Ese juego se ha copiado a los diferentes cartuchos de las distintas plataformas que sean y son distribuidos para su venta. La licencia es lo que permite que esa propiedad intelectual pueda copiarse y distribuirse legalmente en forma de cartucho y la paga el fabricante de esos cartuchos, bajo compromiso legal de que no puede alterar la propiedad intelectual ni distribuir el juego en otro tipo de cartuchos. Con esa licencia el dueño de la propiedad intelectual recibe su beneficio estipulado. Pero ahí acaba lo que el dueño puede recibir, la licencia estipula las copias en cartucho, pero estas no estan sujetas a un porcentaje o canon por su venta posterior. Si luego el juego no vende, el fabricante se come los cartuchos con patatas. Y si ha vendido los cartuchos a un distribuidor y tampoco vende, es el distribuidor el que se los come. Y si has comprado el juego y es un truño, a menos que el vendedor te lo quiera cambiar por quedar bien, adivina: te lo comes. Si 10 años después, por lo que sea, el juego vale millones, te llevas la alegría de tu vida mientras toda la cadena que te vendió el juego (vendedor, distribuidor, fabricante...) a llorar por las esquinas.
En resumen, las copias físicas (juegos, películas, cuadros, etc) no sufren de ningún "porcentaje" o cuota que haya que pagar al dueño de la propiedad intelectual, pues ese intercambio monetario entre el dueño y el particular ha quedado debidamente saldada bien directamente o a través de los intermediarios de compra (fabricante, distribuidor, etc). No es lo mismo que la emisión de una película por la tele o una canción por la radio ya que la emisora se comporta como un distribuidor y debe pagar un canon al dueño, ya que va a obtener unos beneficios de publicidad al realizar la emisión.
Si el dueño de la propiedad intelectual tuviese tal poder sobre las copias, sería una locura y de seguro los precios de los artículos de segunda mano subirian rapidamente una vez terminada la fabricación de las copias, sin importar la calidad del producto. Es verdad que esto lleva a situaciones rocambolescas donde un pintor hiciera un cuadro por dos duros y 20 años después se pagasen auténticos millones sin que el autor vea nada, y desde luego hay artistas que no estan nada de acuerdo con esas tácticas especulativas:
 El del teléfono de la izquierda casi le da un infarto.
El del teléfono de la izquierda casi le da un infarto.Pero el precio de las copias, y más aún en las de segunda mano, las pone el mercado y si el mercado se limpiaba el culo con un juego y 5 años después lo adora como un nuevo dios, no queda otra que encojerse de hombros porque es un resultado que no se puede preveer. Por mucho que se paguen ahora 1.000€ en los juegos de Neo Geo, SNK no podía preverlo y vender los juegos 160.000 pesetas en su momento para sacar la tajada que le pueda corresponder, porque entonces nadie los habría comprado y SNK se habría ido a la quiebra por no vender. Pero nadie tiene una bola de cristal y prever estas cosas.
Y para terminar, 
la ley de propiedad intelectual sobre la venta y distribución dice esto:
Artículo 19 Distribución
2. Cuando la distribución se efectúe mediante venta u otro título de transmisión de la propiedad, en el ámbito de la Unión Europea, por el propio titular del derecho o con su consentimiento, este derecho se agotará con la primera, si bien sólo para las ventas y transmisiones de propiedad sucesivas que se realicen en dicho ámbito territorial.
Vamos, que una vez vendido el juego, el dueño de la propiedad intelectual no puede recibir nada.
En cuanto a las copias o reproducciones, si no estan licenciadas por el dueño de la propiedad intelectual son lo mismo: ilegales. Y las repros no anunciadas como tales ya podrian entrar dentro de la estafa. Otro debate ya es si es ético el comprarse una repro simplemente por tener el juego lo más parecido al original sin pagar a especulatas que inflen el precio. Desde luego sea cual sea la finalidad comprar una repro sin licencia no es lo más beneficioso para la industria, pero si el dueño tampoco facilita la venta ni tiene interes en beneficiarse de ella, la compra se situa en un limbo amoral, aunque la venta sigue siendo ilegal.
Espero que este ladrillo sea de ayuda.  
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