Con Assassin’s Creed Shadows la franquicia de Ubisoft viaja hasta el Japón del siglo XVI, donde los jugadores asumirán los papeles de una shinobi japonesa llamada Naoe y, por primera vez en la serie, el de un samurái histórico de la vida real llamado Yasuke. Naoe ha sido entrenada para convertirse en Assassin shinobi en la provincia de Iga, y ahora se dispone a viajar por Japón en busca de venganza con el fin de cumplir una promesa. Por su parte, Yasuke ha completado el entrenamiento para ser un samurái experto y ahora encuentra un nuevo propósito al enfrentarse a los demonios de su pasado.
Si tenemos en cuenta que la campaña del juego se ambienta al final del período Sengoku, una era también conocida como Azuchi-Momoyama, los jugadores pueden esperar un Japón sacudido por los terremotos políticos, la guerra y grandes cambios sociales. Este telón de fondo servirá para las historias de Naoe y Yasuke, que presentan estilos de lucha muy diferentes y perspectivas superpuestas sobre un momento transformador en la historia japonesa. Para construir un mundo lo más auténtico posible Ubisoft Quebec ha consultado documentación y creado una red de historiadores, profesores y consultores culturales.
Durante el desarrollo del juego el equipo de desarrollo también ha viajado a Japón para ver el paisaje y la cultura. También han entrado en contacto con los equipos de Ubisoft en Tokio y Osaka, que han colaborado en la creación del juego.
Durante la campaña de Assassin’s Creed Shadows los dos protagonistas son reunidos por Nobunaga, cuyo objetivo es unificar Japón. Esta misión lo lleva a la provincia de Iga, cuya resistencia está liderada por el padre de Naoe. Naoe y Yasuke se encuentran durante el enfrentamiento y su relación no empieza precisamente bien debido a las dos perspectivas diferentes que tienen sobre Nobunaga y los medios que está usando para la unificación.