En Harry Potter: Wizards Unite el mundo mágico está viviendo una catástrofe y corre el peligro de quedar expuesto después de que los Incontratus (artefactos, criaturas, personas e incluso recuerdos) aparezcan en el mundo 'muggle'. La aventura de los jugadores (magos y brujas) empezará cuando se alisten en las fuerzas especiales del Estatuto del Secreto, un organismo creado por el Ministerio de Magia y la Federación Internacional de Magos con el propósito de investigar y contener la tragedia.
Cuando los jugadores de Harry Potter: Wizards Unite salgan a explorar el mundo real con el móvil en la mano, accederán a un mapa que mostrará rastros de magia que marcan la ubicación de los Incontratus. Estas marcas pueden aparecer en cualquier lugar, pero algunos Incontratus tienden a manifestarse en distintos tipos de ubicaciones como parques, edificios municipales, campus universitarios, bibliotecas o monumentos. Para devolver los Incontratus al mundo mágico, se deberán lanzar diferentes hechizos y destruir la magia confusa que los protege.
Además de emprender una aventura en solitario, Harry Potter: Wizards Unite permite reunir amigos para participar en eventos y desafíos mágicos en combates cooperativos en tiempo real. Estas amenazas son las que esconden los Incontratus más ratos. Adicionalmente, los magos y brujas se pueden especializar en una profesión mágica (aurores, magizoólogos o profesores) para tener acceso a habilidades y destrezas únicas. En Harry Potter: Wizards Unite tampoco faltan los personajes y ubicaciones más reconocibles del universo creado por J. K. Rowling.