La historia de Stranger Than Heaven cubre 50 años y sigue la vida de Makoto Daito, hijo de padre estadounidense y madre japonesa que se queda huérfano siendo un niño. Tras enfrentarse a las dificultades de crecer en Estados Unidos, en 1915 decide subirse de polizonte a un barco para llegar a Japón, pero es descubierto por la gente de Orpheus (Snoop Dogg), un contrabandista. Ahí también conoce a Yu Shinjo, un joven algo más grande que él que también es de ascendencia mixta y busca comenzar una nueva vida en Japón. Orpheus los quiere lanzar por la borda, pero finalmente decide apadrinar a los dos muchachos.
A medida que los jugadores avancen a lo largo de las cinco décadas de historia que abarca el juego, visitarán cinco distritos inspirados en ciudades japonesas reales, cada una de las cuales tiene sus propias historias e identidad en base a su respectiva época.
- 1915, Kokura, Fukuoka – Una importante zona industrial a la que acuden trabajadores de todo el país. A falta de entrentenimiento moderno, reina el alcholismo, las puestas y la prostitución. Aquí es donde llega el barco de Orpheus
- 1929, Kure, Hiroshima – Una ciudad portuaria con tradición naval e industria pesada. Es donde Makoto empieza a integrarse en las organizaciones yakuza.
- 1943, Minami, Osaka – El mayor centro de entretenimiento del oeste de Japón que no es ajeno a la Gran Guerra. Es el escenario en el que Makoto y Yu se reencuentran y trabajan juntos. Entre bambalinas se desarrolla una guerra entre la yakuza y la mafia italiana.
- 1951, Atami, Shizuoka – Un destino costero que es sinónimo del turismo en el Japón de la posguerra. Se empieza a notar la influencia estadounidense y sus nuevas tendencias.
- 1965, Shinjuku, Tokyo – El distrito de ocio más conocido de Japón
Observar las acciones del enemigo para anticiparse a sus movimientos y golpear en el momento oportuno es una de las claves del sistema de combate. También se puede bloquear el ataque de un enemigo con una mano y contraatacar con la otra rápidamente. Además de puñetazos y patadas, Makoto tiene acceso a un arsenal que incluye cuchillos, mazos, martillos y katanas, así como inventos de la época correspondiente. Las armas se pueden mejorar.