Star Ocean: The Second Story R “combina preciosos escenarios en 3D con nostálgicos personajes pixelados en 2D, ofreciendo a los jugadores una experiencia de RPG clásica con una jugabilidad moderna”, dice Square Enix. En este remake los elementos originales se unen a nuevas funciones como los combates en tiempo real y las mecánicas de combate estratégicas. También hay progresión del grupo personalizable con una selección de habilidades, como cocina, arte y alquimia entre otras. El sistema de habilidades y acciones personales permite crear relaciones con los miembros del grupo y desbloquear distintos finales.
Una vez derrotado el jefe final, los jugadores dispondrán de un modo New Game+ para empezar una nueva partida conservando los objetos y otros aspectos.
Entre las novedades del remake también tenemos tres nuevos niveles de dificultad: Tierra para una experiencia relajada, Galaxia para tener un desafío y Universo, que tiene como objetivo llevar al límite la habilidad de los jugadores. Asimismo, hay mejoras en la banda sonora con una remasterización a cargo de Motoi Sakuraba, el compositor original que ha vuelto a componer todos los temas, incluida la interpretación orquestal e instrumentos de cuerda. En el juego también ha participado el artista de la serie, Yukihiro Kajimoto.
La historia de Star Ocean: The Second Story R comienza con Claude, un oficial de la Federación que es teletransportado a un planeta extraño. Mientras busca la forma de regresar a su hogar, conoce a una joven llamada Rena y se embarca en una misión para salvar a su pueblo y cumplir así los dictados de una antigua profecía. Esta aventura se puede completar en el papel de Claude o de Rena, y en función de la elección, las perspectivas y los aliados que se pueden reclutar serán distintos. Las decisiones, acciones y relaciones desbloquearán diferentes finales.