Salmon Run es un modo multijugador cooperativo para hasta cuatro jugadores donde el objetivo de los Inklings y Octolings es derrotar a hordas de salmónidos y recoger el caviar que dejan al ser derrotados. Durante las oleadas también aparecerán grandes salmónidos, unos enemigos más peligrosos que permiten obtener alevines dorados, un tipo de pez que debe ser transportado con la ayuda del grupo. En total se deben superar tres ofensivas y en cada uno de ellos se podrá acceder a nuevo armamento, equipamiento y tanques de tinta.
El tráiler de Splatoon 3 centrado en Salmon Run revela la existencia de un nuevo salmónido de gran tamaño. Se desconoce por ahora si este modo será permanente o si como sucede con Splatoon 2 solo estará disponible en determinadas horas del día.
Además de modos multijugador, Splatoon 3 ofrecerá una campaña llamada Regreso de los mamiferoides donde los jugadores se pondrán en la piel de un personaje procedente de Tintelia gana la vida recogiendo chatarra en compañía de su amigo cenutrín mientras disfruta de las guerras territoriales. Pero tras un encuentro con el Comando Branquias, que lucha contra los octarianos, se une a la división como Agente 3, un operativo que dispone de un traje adaptado a los inclementes entornos de la región de Tintelia.
La historia de Splatoon 3 se desarrolla en Alterna, una localización donde existe una sustancia llamada plasma pelificador. Si un inkling lo toca con ella le saldrá pelo al instante y perderá el control sobre sus acciones. Sin embargo, los cenutrines no solo son inmunes al plasma pelificador, sino que se lo comen encantados. Ayudarlos resultará clave para desentrañar los misterios de Alterna.