Al igual que en otros juegos de la franquicia, en New Pokémon Snap los jugadores deben capturar pokémons, pero en esta entrega en lugar de Poké Balls se usa el objetivo de una cámara. Así que toca ponerse en la piel de un fotógrafo novato que parte de viaje hacia las islas de la región Lensis con el objetivo de completar una Fotodex Pokémon. Se desconoce el número exacto de pokémons disponibles, pero el desarrollador afirma que hay más de 200 para capturar a base de instantáneas.
En esta nueva aventura los jugadores contarán con la ayuda del Profesor Espejo, el científico a cargo del Laboratorio de Pokémon y ciencias naturales de Lensis, y Rita, su ayudante. Ellos serán los responsables de guiar a los jugadores por las islas de la región y la investigación que están realizando. A la hora de desplazarse tocará usar el Neo-One, un vehículo flotante que trasladará al fotógrafo a su destino.
Además de sacar fotos a pokémons para completar la Fotodex Pokémon, los jugadores de New Pokémon Snap deberán prestar atención al fenómeno Lúmini, que se deja ver tanto en los pokémon como en la vegetación. Se trata de un brillo tenue que el Profesor Espejo está investigando y según se dice hay unos pokémon especiales que están conectados con el fenómeno Lúmini de algún modo. “Puede que, conforme vayas estudiando los pokémon de Lensis y sus hábitats, vayas descubriendo la verdad sobre este misterio”, dice la descripción del juego.