La historia de XCOM 2 transporta a los jugadores a un futuro dentro de 20 años en el que la humanidad perdió la guerra contra la amenaza alienígena, que ha establecido un nuevo orden mundial. La organización paramilitar secreta conocida como XCOM ha caído en el olvido, pero tendrá que contraatacar para recuperar el control de la Tierra y liberar a la humanidad del yugo de los alienígenas.
Al contrario que en Enemy Unknown, en XCOM 2 la fuerza invasora será XCOM. Los miembros de la organización se ven lastrados por tener unos recursos limitados y deberán usar su nuevo cuartel móvil para esquivar constantemente la amenaza alienígena. Los jugadores deberán combinar los ataques frontales con el sigilo para ayudar a XCOM a reclutar soldados y formar una red de resistencia.
XCOM 2 presentará nuevas características de juego, como un mayor apoyo para modificaciones o una generación procedimental de niveles que permitirá que cada jugador disfrute de una experiencia única. Además, XCOM 2 ofrecerá una amplia variedad de contenidos, como cinco clases de soldado actualizadas, una mayor personalización de los soldados, más tipos de alienígenas y enemigos, así como un combate táctico avanzado.