Yooka-Laylee and The Impossible Lair destaca por ofrecer escenarios en 2.5D donde se mezcla la acción, los rompecabezas y las plataformas, así como un mundo en 3D que sirve para desplazarse entre niveles, explorar, descubrir secretos y desbloquear nuevas zonas. El título ofrece un total de 20 niveles, cuya rejugabilidad se garantiza gracias a los estados alternativos, una mecánica que transforma dinámicamente los escenarios (los inunda con agua, los congela, les da la vuelta…) y modifica sus desafíos.
Otra de las novedades de Yooka-Laylee and The Impossible Lair es la mezcla de tónicos que proporcionan bonificaciones (más salud, más energía…) al dúo protagonista. Además, estas lociones permiten alterar el aspecto gráfico del nivel, cambiar las normas del juego, modificar la apariencia de Yooka o incluso mejorar sus habilidades para correr, nadar y trepar más deprisa. El objetivo de los tónicos es afectar a la jugabilidad.
En cuanto a la historia, en Yooka-Laylee and The Impossible Lair los jugadores deberán parar los pies a Capital B. En esta ocasión el archienemigo de Yooka y Laylee pretende esclavizar a un reino de abejas y nuestros héroes deberán evitarlo con la ayuda de la reina Phoebee.