Judge Eyes tiene lugar en la actual ciudad de Tokio y tiene como protagonista al detective privado Takayuki Yagami (interpretado por Takuya Kimura), "un hombre de fuertes convicciones que lucha por sus principios a pesar de la abrumadora desesperación que le rodea". Antes de dedicarse a la investigación Yagami ejercía de abogado, pero después de una serie de acontecimientos perdió la fe en la profesión y decidió abrir una oficina para resolver crímenes usando sus propias habilidades. Su auténtica aventura empieza cuando un día le piden reunir pistas sobre un asesinato en el que se verá envuelto.
"Reforzando el posicionamiento del juego como thriller judicial y representando la sensación de convertirse en un detective, los jugadores tendrán que utilizar habilidades clave de investigación junto con características específicas del juego para desvelar las verdades ocultas de la trama central de Judge Eyes", dice Sega en su nota de prensa. "¿Qué se oculta más allá del sufrimiento y los fracasos del hombre atrapado en su pasado? ¿Es una revelación divina o algo más siniestro?".
Judge Eyes ha sido presentado junto a un dos generosos tráileres donde podemos ver algunos rastros de la serie Yakuza, pero con un tono mucho más oscuro y duro, elementos que alejan el nuevo proyecto de las aventuras mafiosas y en ocasiones delirantes de Kazuma Kiryu.