Los remakes para 3DS permitirán crear escondites configurables con diferentes decoraciones, laberintos o trampas para los entrenadores visitantes. Estas zonas privadas también podrán servir como un gimnasio Pokémon privado con reglas de batalla particulares. Los jugadores podrán compartir su propia base secreta a través de la funcionalidad StreetPass de Nintendo 3DS o vía código QR.
Al visitar otras bases secretas, los jugadores pueden invitar al entrenador anfitrión de vuelta a su base secreta como "amigo secreto". Los jugadores relacionados de esta manera podrán luchar entre sí y abrir nuevas opciones de colaboración como compartir decoraciones, reducir el tiempo de incubación de huevos Pokémon o aumentar el nivel de un Pokémon en concreto.
Cada base secreta contendrá banderas que los entrenadores visitantes podrán robar. Las banderas están localizadas junto al PC secreto de cada base y su captura aumentará el rango del jugador. Esto se traducirá en varias recompensas entre las que se incluye mejorar las habilidades especiales de los amigos secretos.
Pokémon Rubí Omega y Pokémon Zafiro Alfa llegarán en todo el mundo a Nintendo 3DS el próximo 28 de noviembre. Recientemente los desarrolladores confirmaban la forma Primigenia de Groudon y Kyogre, la megaevolución de Sableye y los tres Pokémon iniciales que podemos ver en el vídeo de arriba.