Lanzado originalmente para GameCube en 2004, Paper Mario: La puerta milenaria es un juego de rol de la saga Paper Mario, y eso significa que además de elementos RPG tenemos unos gráficos que mezclan entornos en 3D y 2D en un mundo donde todo está hecho de papel. La historia de este título empieza como la de tantas otras entregas de Mario: la princesa ha desaparecido y nuestro héroe debe encontrarla. También tenemos el mapa de un tesoro que conducirá a Mario a reunir siete cristales estelares con los que podrá abrir la gran puerta que lleva al tesoro. En esta ocasión los antagonistas son Bowser y Xenón y el ejército X.
El sistema de combates es por turnos y se desarrolla en un escenario de cartón en presencia de público. Cuando sea el turno del jugador debe seleccionar el tipo de ataque, la mayoría de los cuales requiere de un comando de acción que en caso de ejecutarlo en el momento exacto ofrece un mejor resultado. A medida que avance el combate, el público animará y las butacas se irán llenando de gente. Si la platea se divierte, se reunirá poder estelar que permite llevar a cabo habilidades especiales. También se pueden equipar medallas que se encuentran o adquieren para añadir nuevas habilidades al repertorio y usar objetos para recuperar vida o infligir daño.
Durante su aventura Mario estará acompañado por diferentes personajes, incluyendo Goomarina, Koops, Claudia y Yoshito, que le ayudarán tanto en las fases de combate como en las de plataformas y rompecabezas. Existe la opción de cambiar de aliado en cualquier momento. En las fases de exploración Mario podría aprovechar que todo está hecho de papel para deslizarse por grietas, surcar los aires convertido en un avión de papel, enrollarse para pasar por túneles o saltar muy alto.
Además de unos gráficos mejorados, la versión de Paper Mario: La puerta milenaria para Nintendo Switch cuenta con una banda sonora actualizada, un sistema de pistas mejorado y una nueva sala de tuberías que permite regresar rápidamente a zonas completadas.