Pac-Man 99 presenta la misma jugabilidad de un Pac-Man clásico, que obliga a correr sin parar por un laberinto para escapar de los fantasmas hasta poder comerse una Pac-Bola, momento a partir del cual y por tiempo limitado cambian las tornas y es el jugador quien persigue a sus enemigos para eliminarlos. El toque battle royale implica que cada fantasma eliminado se enviará a otros participantes en forma de Pac-Man bloqueador, cuyo objetivo es frenar el avance de los rivales. En caso de tocar muchos Pac-Man bloqueadores se acaba la partida.
La principal clave para sobrevivir y ganar en Pac-Man 99 son los fantasmas durmientes, que se sitúan detrás de un fantasma y se pueden comer para castigar a los rivales con una lluvia de Pac-Man bloqueadores. Además, durante las partidas los jugadores tendrán a su alcance una serie de tácticas especiales que pueden cambiar el curso de la partida. Por ejemplo, es posible aumentar la velocidad en el laberinto, volverse más fuerte contra los Pac-Man bloqueadores o potenciar la capacidad para engullir trenes fantasma con solo pulsar un botón.
Los ataques se pueden dirigir a varios tipos de rivales. Existe la opción de centrarse en oponentes que están a punto de ser derrotados, ejecutar venganzas o dejarlo todo en manos de la suerte. Hay 98 contrincantes y el ganador será el último que quede en pie.
Pac-Man 99 es un juego que se ofrece sin coste adicional como parte de la suscripción a Nintendo Switch Online, pero también presenta opciones de pago. Los jugadores tienen la posibilidad de adquirir por separado modos de juego adicionales, incluido el modo de juego sin conexión, así como temas especiales inspirados en títulos clásicos de Namco como Xevious, Galaga, Dig Dug y entre otros.