La mecánica de Tetris 99 es la de siempre, van apareciendo tetriminos y el jugador los debe mover para colocarlos en línea y hacer que desaparezcan. El objetivo sigue siendo ganar puntos y evitar que las piezas llenen la pantalla hasta arriba. Pero hay novedades. Cuando se completen dos o más líneas de manera simultánea se enviarán bloques basura a los rivales y se llenará su pantalla con obstáculos. Hay 98 rivales, así que los bloques basura pueden llegar de todas partes. Sin embargo, antes de que aparezcan se recibirá un aviso para poder prepararse un poco.
Tetris 99 también incluye una dosis de estrategia, ya que se puede elegir a quién enviar los bloques basura. Quizás conviene presionar a los jugadores que estén en los más alto de la clasificación o centrarse en los que tengan el agua al cuello para terminar de eliminarlos. También existe la opción de enviar bloques a todo el mundo sin prioridad alguna. Derrotar a un rival proporciona una insignia y cuantas más se tengan más aumentará el poder de ataque y más líneas se podrán enviar a la vez.