13 Sentinels: Aegis Rim se describe como “una epopeya de misterio y ciencia ficción” con robots gigantes, grandes monstruos (kaiju) y sospechosos hombres de negro, que abarca trece historias entrelazadas. Estamos ante una aventura de acción y toques de rol en 2D donde los jugadores deberán descubrir la verdad y luchar por defender la humanidad con unos mechas llamados Sentinels, cuyo arsenal puede ser personalizado. Todo ello amenizado con el característico estilo visual pintado a mano de Vanillaware.
La campaña de 13 Sentinels: Aegis Rim está dividida entre segmentos de aventuras de desplazamiento lateral, diálogos a lo novela visual y batallas de estrategia en tiempo real. Las 13 historias tienen como protagonistas a estudiantes de secundaria en un Japón ficticio de los años 80, que se ven arrastrados a una guerra futurista entre mechas y kaiju hostiles. También hay algunos protagonistas que provienen del futuro o de la era de la Segunda Guerra Mundial.
Las historias de 13 Sentinels: Aegis Rim se plantean de forma no lineal, así que los jugadores pueden cambiar el destino de los acontecimientos según sus acciones. Los protagonistas del juego son:
- Juro Kurabe: un joven estudiante de instituto bastante amable que intenta llevar una vida normal
- Iori Fuyusaka: una estudiante extrovertida que acaba siendo el centro de una conspiración
- Ei Sekigahara: un joven amnésico que aparece al lado de un cadáver y es perseguido por una misteriosa organización
- Keitaro Miura: un joven del 1945 que tiene como principal cometido la defensa de Japón
- Megumi Yakushiji: una chica obsesionada con Juro que se deja engatusar por un misterioso gato parlante
- Natsuno Minami: miembro del equipo de atletismo fascinada por el ocultismo y los ovnis
- Nenji Ogata: el gamberro del instituto y el tipo de gente que prefiere pegar primero y preguntar después
- Renya Gouto: líder de los pilotos Sentinel
- Ryouko Shinonome: agente fría y distante que después de una desafortunada misión sufrió daños cerebrales
- Shuu Amiguchi: un picaflor que no se toma la vida demasiado en serio
- Takatoshi Hijiyama: un soldado japonés proveniente de los años 40 al que le cuesta adaptarse a los cambios
- Tomi Kisaragi: una adolescente cínica y muy espabilada
- Yuki Takamiya: una pandillera bastante borde que se infiltra, muy a su pesar, en el instituto