Pokémon Rumble U cuenta con los 649 Pokémon descubiertos hasta Pokemon Black 2 y White 2, y permite al jugador jugar en solitario o con hasta cuatro jugadores.
El objetivo de los jugadores en Pokémon Rumble U será el de recuperar algunas capsulas Pokémon, que han sido arrastradas por un río a causa de un accidente. En el camino los jugadores descubrirán que algo no esta del todo bien.