Como ya se había anunciado, esta versión del título incluye una serie de características que utilizan la pantalla del Gamepad de Wii U, tales como el pirateo en la pantalla táctil, edición de mapas interactivos, mira de francotirador aumentada o gestión de inventario y aumentos, que se ofrecerán en Xbox 360 mediante SmartGlass y en PlayStation 3 con PS Vita.
Esta versión también incluye la misión Tongs's Rescue y el DLC Missing Link integrado en la historia. Además, se han mejorado las peleas contra los jefes, equilibrado la dificultad, optimizado la IA y mejorado los gráficos.