Ambos usan Nintendont, así que imagino que ninguna diferencia con respecto a calidad o compatibilidad, si es eso lo que te inquieta. Hombre, Inyectado te permite jugar en la pantalla del mando, y eso sin inyectar necesitaría un fordwarder para conseguir lo mismo.
Aunque la uso todavia con bastante frecuencia, estoy un poco oxidado ya con el tema homebrew en WiiU, así que si alguien pudiera dar más información, yo también tengo curiosidad