Aqui os dejo la lista actualizada de personajes todos ordenados por grupos como viene en la pagina web oficial aunque en esta pagina faltan algunos personajes ya los pongo yo ordenados:
Ninjas de la Villa Oculta de la Hoja:
Naruto (forma normal, kyubi 1 cola, kyubi 4 colas), Sakura, Sai, Kakashi.
Rock Lee, Ten Ten, Neji, Gai.
Yamato, Shizune, Tsunade, Jiraya.
Shikamaru Nara, Chouji Akimichi, Ino Yamanaka, Asuma Sarutobi.
Hinata Hyuga, Shino, Kiba, Kurenai.
Obito Uchiha, Kakashi (Gaiden), Minato (Yondaime / 4º Hokage)
Aldea de la Arena:
Kankuro, Temari, Abuela Chiyo, Gaara.
Akatsuki:
Itachi Uchiha, Kisame.
Kakuzu, Hidan.
Deidara, Tobi, Sasori (marioneta, y Sasori final).
Pein.
Equipo Sasuke:
Suigetsu, Karin, Juugo, Sasuke Uchiha.
Otros:
Orochimaru, Kabuto+Orochimaru.
He editado el post para poner la lista de personajes mejor y añadir los que faltan.