@logiperkas, esas preguntas debes contestártelas tú mismo, si eres quien va a utilizar la máquina. Afortunadamente hoy día hay tantas máquinas, que seguro que hay una que se adapta a lo que buscas; pero debes tener claro qué buscas:
[*] ¿portabilidad? La rg40xx es más portable que la cubexx, que abulta mucho más por sus gripe. ¿La vas a querer meter en el bolsillo, bolso o mochila? Si mochila, la cubexx te vale también
[*] ¿comodidad? como comentas, la cubexx es mejor en eso, a costa de tener mayor volumen. La rg40xx tampoco es que no se pueda jugar, sobretodo si vienes de una gameboy, mandos de nes, snes, etc.
[*] arcades:¿Vas a jugar a muchos clásicos verticales? En ese caso igual te compensa más la rg cubexx; conseguirás una pantalla de 3,5" en vertical. Para la rg40xx deberás jugar en modo tate (la consola en vertical) pero hay que configurar los mandos y no es cómodo.
Con la rg cubexx, como dice
@manicminer1976, tendrás una pantalla en formato 4:3 y 3:4 (vertical) de 3,5". Si la mayoría del tiempo vas a estar en esa proporción de 4:3, igual te compensa la rg40xx que te da una pantalla de 4" en ese aspecto 4:3.
En definitiva, creo que eres tú el que debe hacerse y responder a esas preguntas para saber cuál se adapta mejor a lo que quieres.