Pepper, la protagonista del título, es una joven pirata que después de que una extraña tormenta destrozara su barco se encuentra en las costas de una misteriosa isla donde hay un grupo de criaturas conocidas como Narlings que están desvalijando su tesoro. Un encuentro fortuito con un taladro llamado Grinder le da el poder para luchar contra estas criaturas detrás de las cuales se esconde un misterioso personaje que también dispone de una perforadora gigante. A partir de aquí Pepper se embarca en una búsqueda para recuperar su botín robado, taladrando su camino a través de la isla para recuperar su tesoro
Como ya habrá adivinado más de uno, la principal mecánica del Pepper Grinder consiste en perforar la tierra como un delfín lo hace por el agua para desplazarse a través de ella y así superar niveles (temáticos), amenazas y enemigos o alcanzar objetos y plataformas. Algunos han comparado Pepper Grinder con Drill Dozer de Game Boy Advance, pero la propuesta del desarrollador Ahr Ech ofrece una experiencia mucho más rápida donde hay que sincronizar los movimientos para ejecutar cadenas de acrobacias que mezclan balanceo, perforación y saltos.
A medida que avance en su aventura e historia de venganza, Pepper encontrará nuevos taladros que aumentarán las posibilidades de perforación y las opciones a la hora de recoger joyas y demás riquezas. La moneda se puede usar para mejorar a Pepper, abrir nuevos caminos y comprar pegatinas coleccionables para un álbum. Además, cada nivel esconde cinco monedas en forma de calavera que dan acceso a niveles secretos. Pepper Grinder no es un juego sencillo y los puntos de vida de su protagonista pueden desaparecer rápidamente, pero el número de puntos de control es generoso.