La edición más ambiciosa (y cara) de Metro 2039 es la coleccionista. De su contenido destaca una réplica utilizable del casco Spartan, que se ha creado directamente a partir del modelo 3D del protagonista. Al casco no le falta detalle. Cuenta con un visor con bisagra, la característica máscara de gas integrada y unos arañazos, abolladuras y personalizaciones que buscan ofrecer un reflejo de una vida posapocalíptica. "Se producirá una cantidad limitada de estas ediciones especiales y cabe esperar que se vendan rápidamente en cuanto se abra el periodo de reservas", dijo Deep Silver cuando mostró el caso por primera vez.
La edición coleccionista de Metro 2039 también incluye una copia del juego para PS5 o Xbox Series, o bien un código en la caja en caso de PC, una caja metálica, un libro de arte de tapa dura, el DLC de expansión de la historia, un libro de arte digital y la banda sonora digital. Todo ello por un precio de 299,99 euros.
En segundo lugar, tenemos la edición Deluxe. En formato físico, tiene un precio de 109,99 euros e incluye todos los elementos de la edición coleccionista, excepto el casco Spartan. En formato digital, elimina el libro de arte de tapa dura y el casco para rebajar su precio hasta los 99,99 euros. Por último, la edición estándar con una copia del juego cuesta 69,99 euros. En todas las ediciones, la bonificación por hacer la reserva son tres bolsas de especialista que ofrecen una ventaja al inicio de la campaña, pero solo se puede equipar una mejora a la vez. Las opciones son:
- Bolsa de especialista en equipo: para armeros que quieran fabricar armas y equipamiento avanzados con mayor rapidez.
- Bolsa de especialista en tecnología química: para exploradores que quieran adentrarse en zonas radiactivas con más filtros para la máscara de gas y un equipo más limpio y fiable.
- Bolsa de especialista en munición: para tiradores que quieran encontrar y utilizar tipos de munición más raros y potentes en sus armas.