Mega Drive Mini 2 esconderá en su interior un total de 60 títulos, unos cuantos más que los 42 incluidos en Mega Drive Mini. La lista destaca por incluir juegos que nunca fueron lanzados más allá de los arcades, como Devi & Pii y Spatter, así como nuevas versiones, incluyendo la primera entrega de Fantasy Zone, Puyo Puyo Sun o Super Locomotive. Además, hay una docena de títulos de Sega Mega CD, un periférico para Mega Drive que aporta nombres como Sonic CD, Ecco the Dolphin CD, Shining Force CD, The Ninja Warriors y Night Striker.
Los juegos de Mega Drive incluidos en la versión occidental de Mega Drive Mini 2 son:
- After Burner 2
- Alien Soldier
- Atomic Runner
- Bonanza Bros
- ClayFighter
- Crusader of Centy
- Desert Strike
- Devi & Pii
- Earthworm Jim 2
- Elemental Master
- Fantasy Zone
- Fatal Fury 2
- Gain Ground
- Golden Axe II
- Granada
- Hellfire
- Herzog Zwei
- Lightening Force / Thunder Force IV
- Midnight Resistance
- The Ooze
- Out Run
- Out Runners
- Phantasy Star II
- Populous
- Puyo Puyo Sun
- Rainbow Islands Extra
- Ranger X
- The Revenge of Shinobi
- Ristar
- Rolling Thunder 2
- Shadow Dancer 2
- Shining Force II
- Shining in the Darkness
- Sonic 3D Blast
- Space Harrier II
- Spatter (unreleased)
- Splatterhouse 2
- Star Mobile
- Streets of Rage 3
- Super Hang On
- Super Locomotive
- Super Street Fighter II
- ToeJam & Earl in Panic on Funkotron
- Truxton
- Vectorman 2
- Viewpoint
- Virtua Racing
- Warsong
- Ecco the Dolphin CD
- Ecco: The Tides of Time CD
- Final Fight CD
- Mansion of Hidden Souls
- Night Striker
- Night Trap
- The Ninja Warriors
- Robo Aleste
- Sewer Shark
- Shining Force CD
- Silpheed
- Sonic CD
