La historia de Lightning Returns: Final Fantasy XIII transcurre cientos de años después de Final Fantasy XIII, cuando Lightning despierta de su profundo sueño en el nuevo mundo llamado Novus Partus, cuya capital es Luxerion. Este planeta está infectado por el Caos y se encuentra al borde de la destrucción. Lightning la última esperanza de la humanidad y tan solo dispondrá de 13 días y 13 noches para salvar el mundo mientras el Reloj del Juicio Final descuenta las horas.
Al controlar solo a Lightning, el sistema de combate se ha visto modificado para dar al jugador más control sobre el personaje, permitiendo que nuestra protagonista pueda explorar su entorno, saltando, escalando y deslizándose. Al mayor control también se le unirá una mayor personalización, ya que los atuendos que Lightning puede equiparse determinan sus atributos. Durante las batallas el jugador dispondrá de hasta tres atuendos, que pueden personalizarse previamente con habilidades, hechizos y demás piezas de equipo a conveniencia del jugador.