La historia de Prey nos transporta hasta el 2032 y nos pone a bordo de la Talos I, una estación espacial inmensa en órbita alrededor de la Luna. Cuando Morgan Yu, el protagonista de Prey, se despierta, descubre que algo ha salido mal, muy mal. Los alienígenas Tifón han escapado de su confinamiento, han asesinado a gran parte de la tripulación y ahora campan a sus anchas por la Talos I.
Morgan es el Vicepresidente y Director de Investigación para TranStar Corporation y sus estudios le han permitido estudiar a los Tifón. Gracias a ello podrá recurrir a los neuromods, que empleará para obtener poderes alienígenas. Por ejemplo, adoptará la habilidad del Tifón mimético para imitar cualquier cosa que tenga aproximadamente una masa igual o menor a la de él y que no esté atornillada. Hay más poderes, pero también armas como un cañón GLOO.
Hoy también se ha anunciado que todos aquellos que reserven una copia de Prey recibirán de forma exclusiva el Pack de escopeta del cosmonauta. Este contenido incluye la escopeta Margrave, varias herramientas, tres neuromods, dos kits médicos y un diseño de fabricación de munición de escopeta.