La historia del título está siendo desarrollada por Telltale en colaboración con Mojang, y al igual que otros títulos de la compañía como Borderlands, The Wolf Among Us o The Walking Dead, la historia estará fuertemente influenciada por las decisiones del jugador. Por el momento se desconocen los detalles de la misma, pero sí han revelado que mezclará nuevos personajes con temas familiares sacados del universo de Minecraft.
Desde Mojang avisan que el objetivo no es crear una historia “oficial” de Steve o explicar el mundo de Minecraft al detalle, simplemente se trata de una aventura ambientada en el universo del juego. Por parte de Telltale Games aclaran que Minecraft: Story Mode no es un complemento, se venderá como un juego independiente