Rainbow Six Quarantine se ambienta varios años en el futuro dentro del universo Rainbow Six para ofrecer una campaña completamente nueva donde los jugadores, Agentes del Equipo Rainbow, se enfrentarán a un parásito alienígena mutado letal que infecta a los humanos y sus entornos. Para combatirlo será necesario abordar misiones “misiones caóticas, llenas de tensión y totalmente impredecibles”. El objetivo de los jugadores, que se unirán en grupos de tres, será dirigirse a zonas en cuarentena para “cambiar el rumbo de la humanidad”.
"Queríamos construir una experiencia cooperativa radicalmente rediseñada sobre los cimientos de uno de los mejores shooters de esta generación" dijo Bio Jade Adam-Granger, diseñadora principal. "Queríamos que Quarantine fuera al género de shooters cooperativos lo que Siege es para el género de shooters PvP".