No debería pasar nada... y en realidad apenas pasan cosas graves si miras un poco lo que estás haciendo, pero las formas de mirar y tratar las dependencias difieren un poco entre uno y otro, y es el caso que se ha expuesto. Por poner un ejemplo, tienes el caso de los metapaquetes. Por ejemplo, llamemoslo gnome3, sería lo que instalarías si quieres usar gnome. Éste arrastra todo lo necesario, pero no es gnome, es un metapaquete que tiene como dependencias todo lo demás. Bien, éste es el que provoca que se queden paquetes retenidos hasta que no esté todo para actualizar, pero también puede provocar que si luego eliminas algo que se haya instalado así, quiera llevarse detrás todo lo demás, ya que se ha instalado automáticamente al ser dependencia. Si tu instalas de una forma, y luego eliminas de otra, uno de los dos, ya sea apt-get o aptitude (o apt incluso) usando el parámetro -f (--force), tratará o de volver a instalar algunas cosas, o de llevarse todas las demás y dejarte sin entorno, p.e. Para esos casos, trata de desinstalar el metapaquete que ha hecho la instalación de los demás y la próxima vez no será tan traumático y acojonante el uso del parámetro -f.
Respecto a lo otro, pues aun no me ha dado por probar kfreebsd en debian, así que no puedo responderte... algún día, algún día...
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. Como he dicho, estuve 3 años con SID. Ahora tengo stable y si lo veo necesario tiro de backports, pero cada vez menos. 
