Yo también tengo un PC mini ITX, y aunque es más complicado sacar componentes individuales cuando el PC está montado, si se hace el montaje con cuidado (sobre todo al meter los últimos conectores) es como cualquier otro PC. Las limitaciones, slots PCI/RAM aparte, suelen venir más bien impuestas por la caja. La NZXT Manta por ejemplo, al igual que mi In Win 901 acepta fuentes y gráficas grandes así que solamente se "sacrifica" la posibilidad de poner más tarjetas PCI.
Con respecto a la placa, creo que en gama baja las ITX son más caras, pero en la gama alta y media-alta se nota bastante menos, sobre todo teniendo en cuenta que muchas placas ITX vienen con WiFi integrado. Por ejemplo, la Maximus VIII Gene (mATX) vale sobre 20 euros menos que la Impact (mITX), pero la Impact trae WiFi ac integrado de serie.
Si sabes con certeza que no vas a poner dos gráficas en un futuro, lo vería como una buena opción. La NZXT Manta tiene una refrigeración y gestión de cables propia de cajas más grandes, básicamente es como una big tower a escala. Puedes poner un disipador por aire con ventilador de 140mm sin problemas.
