Lo de desfragmentar no se que tan necesario sea en las últimas versiones, cómo los juegos que he probado son los que están en formato CD (lemmings/hudson selection I,II,III y IV/Oni entre otros) necesitan poco espacio y no necesite desfragmentar pero como Project Snowblind necesita Gigas no sabria decirte, me parece que en la versión 5 que puedes encontrar en el repositorio del programa no era necesario desgrafmentar.
Igual ifcaro posteo un programa para desfragmentar en el mismo hilo de Open PS2 Loader pero no la he probado.
Ah y por cierto si no te arranca a la primera el juego (cosa que dudo) hay varios modos de compatibilidad que los inicias pulsando triángulo sobre la imagen del juego.