con respecto a la interferencia del sistema operativo en los emuladores, lo que normalmente pasa (diria que >90% de las veces) es que el emulador no es un proceso prioritario del sistema. entonces cuando hay eventos que SI son prioritarios del sistema (antivirus haciendo de las suyas, o algun otro proceso prioritario del sistema) ese proceso "pasa por delante" en plan como el tren en la pelicula de origen, arrasa todo a su paso y tu en el emulador lo que notas es microparones, algun frenazo o algo similar. esto pasa especialmente cuando el proceso en cuestion involucra CPU cerca o en el 100% de uso y/o al sistema de archivos que incluso en equipos modernos con interfaces nvme es practicamente siempre la parte mas lenta del sistema.
luego hay cosas mas sutiles, pero casi siempre, yo diria >80% de las veces, que se acusa a la emulacion, especialmente bajo windows, de "poco fiel" suele ser por esta clase de cosas.
otro ~10% es casi siempre por la fidelidad del video... en un sistema que va a resoluciones bajas del palo 320x240 o menos y que estaba pensado para llevar por RF o como mucho, RCA a un televisor o monitor CRT, ponerlo en una pantalla actual que va a una resolucion varios ordenes mas grande y con una tecnologia de presentacion de la imagen completamente distinta...
obviamente no se va a ver igual. es que lo raro es que sí lo hiciera. para eso hay remedios (filtros, postprocesados varios...) que
arreglan el tema mas o menos pero vamos, que en el fondo
realmente no tiene arreglo porque forma parte del cambio de entorno.
y luego otro ~10% hay otras partes del cambio de entorno, que en foros como aqui se le da relativamente mucha importancia (usar el mando original, usar los cartuchos originales, etc).
Gran parte de todo esto en FPGA se "suaviza" mucho. pero ya digo que el motivo principal, aunque mucha gente no lo reconozca, es la ausencia de que detrás esté el sistema operativo descarrilando las cosas a su antojo.
la prioridad del sistema no siempre es la prioridad del usuario.
eso en los "emuladores bare metal" se corrige bastante precisamente porque se saca la mayor parte (o incluso "todo", depende de la plataforma anfitriona) el sistema operativo anfitrion de la ecuacion. entonces "no hay nadie interfiriendo que j#da la experiencia"
en eso la "parte mala" el que se la come es el que diseña/crea el emulador, porque se tiene que hacer cargo de partes del proceso (entrada/salida de archivos, video, etc) que normalmente en un emulador al uso no necesita manejar porque se lo puede delegar a librerias del sistema operativo. en un emulador bare metal eso no se puede hacer y las tiene que elaborar él directamente o al menos copiarselas de otro que las haya hecho (o como se suele hacer hoy dia,
encargarselas a la tIA agatIA 
)
en realidad, en un emulador al uso en un sistema relativamente moderno, salvo que estes haciendo cosas muy demandantes esa interferencia no suele ser tan grave. luego otra cosa ya es lo que te importe o la relevancia que le des a los cambios del entorno.