En Partisans 1941 los jugadores se ponen en la piel de Alexey Zorin, un comandante del Ejército Rojo que escapa de un campamento de prisioneros nazi. Su deber será liderar a un grupo de combatientes soviéticos para rechazar la invasión nazi. Cada combate debe ser planificado y hacer uso de la pausa táctica para estudiar el entorno, reunir toda la información posible, observar al enemigo y elegir la mejor posición para tener éxito a la hora de derrotar a las tropas alemanas en cada una de las misiones y acciones.
Para cumplir con su cometido, tovarich Zorin deberá reclutar a soldados y civiles que le ayudarán a completar una serie de desafíos, que incluyen desde sabotajes, hasta ataques coordinados a las líneas de suministro alemanas. La configuración del grupo dependerá de cada jugador, pero se deberá tener en cuenta que cada guerrillero tiene sus puntos fuertes y aporta una forma diferente de abordar las situaciones. Además, todos los miembros de la resistencia guarda su propia historia y motivos por los cuales se unen a la causa.
Entre misión y misión, Partisans 1941 invitará a gestionar un campamento oculto en el bosque, donde se mejorarán las tropas y su armamento. También será el lugar para distribuir recursos y dar descansos. Además, será posible formar un escuadrón y enviarlo a realizar misiones automatizadas. En los avances y análisis del juego es habitual leer comparaciones con la saga Commandos (por el género y jugabilidad) y This War of Mine (por la gestión de recursos).