Endless Legend 2 es un juego de gran estrategia de fantasía que pone a los jugadores al frente de facciones que buscan convertirse en un imperio capaz de conquistar Saiadha, un mundo oceánico que se encuentra al borde de la extinción debido a la sucesión de cataclismos. Como consecuencia, el mundo cambiará con el paso del tiempo, lo que abrirá nuevas oportunidades de exploración y de conquista. Cómo ganar dependerá de cada uno. Todas las facciones tienen un ejército cuyas tropas participan en batallas tácticas por turnos, pero el uso de la fuerza es solo una opción. El comercio y la diplomacia también son formas de conquista.
Uno de los aspectos más importantes de Endless Legend 2 son las facciones, cada una de las cuales cuenta con su propia filosofía, historia, capacidades y narrativa. Una de las principales novedades de la actualización 1.0 es la llegada de los Sandshapers, la sexta facción principal, unos antiguos habitantes de Saiadha cuyos orígenes se remontan a cuando el planeta era un desierto. Su civilización fue arrasada por las grandes inundaciones provocadas por los Eternos, así que ahora quieren recuperar su antigua gloria y devolver a Saiadha sus desiertos infinitos.
Los Sandshapers se describen como una facción expansionista y terraformadora que busca reclamar la mayor cantidad de tierra posible para potenciar los Wishes, unas habilidades que les permiten restaurar antiguas ruinas y edificios de su civilización, e impulsar su economía. Se trata de una facción diseñada para los jugadores que buscan la supervivencia y que disfrutan empezando en un mundo hostil que se va remodelando a su imagen y semejanza. Los Sandshapers prosperan con la arena, un elemento que les permite regenerar ejércitos y población, mientras que el resto de facciones tienen dificultades para moverse en este entorno.
La actualización 1.0 también añade dos rogue factions: Order of Zelevas y Severed Claw. Order of Zelevas es una variante de Kin of Sheredyn que se centra en la conquista, y Severed Claw es una versión de Necrophage que puede reemplazar las unidades caídas esclavizando a otras facciones. Estos grupos escindidos heredan muchas de las características de la facción de la que proceden, pero presentan su propia misión, historia y mecánicas de juego. El capítulo de las facciones se completa con Mangrove of Harmony, una facción menor desarrollada entre Amplitude Studios y la comunidad que tiene su propio héroe y línea de misiones.