Una de las principales novedades de PES 2016 es la introducción de la climatología dinámica. Esto abre la posibilidad de que empiece a llover en medio del partido, circunstancia que afectará al comportamiento de la pelota y los futbolistas. Como es tradición, se prometen mejoras visuales con un evolucionado Fox Engine, la misma solución gráfica que veremos en Metal Gear Solid V.
PES 2016 también contará con una renovada Liga Máster, nuevas físicas para el balón, el triple de animaciones para humanizar el movimiento de los jugadores, un sistema de colisiones avanzado, mejoras en el control de los 1 contra 1, inteligencia artificial mejorada, nuevos parámetros para los porteros y la la llamada “defensa perfecta”, que permitirá hacer una entrada en el momento justo para salir con el balón controlado y armar un contraataque.
Los jugadores de PlayStation 3 y PlayStation 4 tendrán un modo de edición que les permitirá importar imágenes para replicar cualquier equipación o emblema. Esos mismos usuarios serán los únicos que podrán adquirir el juego en dos ediciones especiales, una física llamada Anniversary y otra digital disponible en PSN.