Sin importar cual conexuion sea mejor, yo mandaria a cambiar la tarjeta madre, ya que no cumple lo que les pedi y ellos han reconocido su error.
Sobre la calidad del audio, es mejor el usar la salida de audio digital independientemenmte el # de canales [estereo o envolvente o monoaural] que tenga la fuente de sonido. Para videos con audio en Dolby Digital sorround [envolvente] o DTS no hace falta mas que configurar el PASS-THROUGH en windows para dsifrutar de sonido 5.1/5.0 por la salida SPDIF [optica o coaxial]. Pero en juegos con sonido envolvente, pues requieres que el chip de audio [integrado en la tarjeta madre o en una tarjeta de sonido] sea compatible con la funcion DOLBY DIGITAL LIVE [DDL] o con DTS-Interactive. De esta manera se recodificara 'al vuelo', y sin tener retrasos, al formato Dolby Digital o a DTS cualquier sonido que no este en esos formatos [PCM o ACC o MP3, etc.]
Por suerte, si la tarjeta madre cuenta con chip de sonido Realtek puedes emplear los controladores modificados que habilitan estas funciones DDL y DTS-Interactive, o bien, usar el paquete Dolby Home Theater version 4 [PCEEv4] que te permitira usar DDL.
DDL y DTS-INTERACTIVE desde controladores realtek modificados

Con PCCEv4, aparece una opcion nueva [DDL] en las opciones de sonido de windows.

Mas sobre esto y de donde conseguir controladores realtek modificados o el PCEEv4, en:
hilo_sonido-5-1-en-peliculas-pero-no-en-juegos-porque_2040429.