Yo lo preguntaría en el hilo oficial de Ebooks.
La principal diferencia entre el Kindle 3 y el Nook es la pantalla pearl (la mejor actualemente)
El Kindle es ligeramente más barato.
Por estética tal vez es mejor el Nook
El nook se puede rootear (algunos modelos con según que firm) Así se "libera" para poder ejecutar otras aplicaciones.
El nook tiene la parte inferior tactil y a color.
El kindle está en constante revisión con actualizaciones. Amazon te da soporte para que le envies por mail lo que quieras convertir a su formato y te lo devuelven convertido.
Con el kindle no podrás leer ebooks comprados en España por culpa del DRM (a menos que lo petes)
Creo que no me he dejado nada, si es así que alguien me corrija.