No.
De primeras NO son compatibles.
Las muescas del pci y pcix son para indicar qué tipo de tarjetas puedes pinchar, hay unas que van a 5v y otras que van a 3.3v. Y eso se sabe por las muescas.
Si no me falla la memoria, la muesca al final indica que funciona solamente a 5v, y la muesca al principio a 3.3v.
Pero si la tarjeta lleva ambas muescas, no tienes problema alguno en pincharla.