Buenas!! Te comento un poco mi experiencia, a ver si puedes sacar algo en claro.
Yo estudie ITIS (Informatica de Sistemas) en la universidad de Sevilla, la verdad que me fue todo bastante bien, y decidi hacer el segundo ciclo en Madrid, así que barajá varias opciones: Politecnica, Complutense y Alcala. La autonoma, no me motivó nada, asi que ni lo tantee:.
La cosa me fue de la siguiente manera:
Politecnica: El segundo ciclo era 3º, 4º, 5º + Proyecto (en el resto suele ser solo 4º y 5º, con el proyecto en 5º). Y como te han dicho antes estan un poco endiosados, y tampoco es para tanto (un compañero de sevilla hizo el segundo ciclo aqui, y me comentaba que la de Sevilla le daba mil vueltas)
Alcala: Lo unico que te puedo decir, es que eche la preinscripcion en plazo, y a la semana me llego la carta de admisión (antes de acabar el plazo de admision, y por supuesto mucho antes de la fecha fijada para que salieran las listas de admitidos), con lo que la impresion que me lleve fue un poco de "necesitamos gente".
Complutense: Recomendada!! La verdad que creo que acerté con la elección. Todo bastante bien y organizado, practicas y demás. Quitando como en todas, algunos profesores que son un poco incompetentes, por lo demas todo genial. Por poner una pega ( a titulo personal): como yo entré en 4º con todo lo demas limpio, la gente fue un tanto recelosa, es decir, no te dejaban apuntes, no te avisaban de entregas y demas... asi que hice causa comun con compañeros en mi misma situacion! Por ultimo comentarte que el proyecto (o sistemas informaticos), no me hizo demasiada gracia que obligatoriamente hubiera que hacerlo en grupos de 3. Si tienes grupo bien, si no te asignan uno, vete a saber con quien...

En fin,espero haberte ayudado...
PD: La opcion de las privadas me la salto