Confirmado, al final he cambiado a una SD de 4Gb y me va perfectamente
Eso si, hay que hacer todo el tinglado:
 Extraer de la SD vieja la emunand con el emuNandTool y hacer copia de seguridad de todos los archivos que había dentro.
 Insertar la nueva tarjeta (con el Launcher.dat metido)  en la 3DS y cargar el menú de gateway (Pulsando L)
 Formatear nuevamente una emuNand
 Una vez creada tienes que ir al PC otra vez e inyectar, en la nueva SD, la emuNand que habías extraído antes y al acabar volver a copiar todos los archivos que tuvieses, de la SD antigua a la nueva.
Y listo, funciona a la perfección.