Nunca podras hacer un formateo a bajo nivel a el disco duro que estas usando y desde el cual esta instalado el sistema operativo -sin importar que sistema operativo uses [macos, solaris, windows, linux, unix, etc.].
Lo que debes de hacer es bajar el DiskManager del fabricante del disco duro, generalmente vieen en un archivo ISO para grabar en un CD, este CD sera de Autorranque -o "booteable" com,o le llaman tambien-, en el BIOS de tu PC debes configurar a que el BIIOS busque el arranque del sistema desde la unidad CD-ROM. Grabas tu CD, reinicias windows, entras al BIOS para configurar lo que ya mencione, guardas los cambios del BIOS, cuando reinicie el PC arrancara desde el CD que grabaste y arrancara el programa de diskmanager, desde el diskmanager haces el formateo a bajo nivel, se borrara todo y absolutamente todo -tablas de particion, de contenido, respaldos de estas tablas, sectores de arranque, archivos, etc.-. Quedara como venia de fabrica y tendras que aplicar al final el formato normal -aplicar el sistema sde archivos que vayas a usar [FAT, NTFS, HFS, etc.]- e instalas tu sistema operativo.
O busca el LIVECD Linux y usas la opcion de ZERO FILL que trae en sus utilidades, igualmente debes configurar a que el sistema busque medios booteables empezando por el CD-ROM.