Pues entonces, mal asunto...
O te toca hacer bricolaje casero (si te atreves y te da igual quedarte sin esas bahías) o me temo que te toca comprar otra caja.
El problema es que, si no me falla la memoria, el cajetín inferior se ajustaba con la parte inferior de la 2ª bahía superior, y tendrías que hacerle algún apaño para dejar el cajetín fijado de alguna manera.
Si no, tendrías que comprarte otra caja, o si tu placa base tiene algún slot x16 en la parte inferior (aunque en la mayoría de placas base funciona a menor velocidad que en el slot superior) instalar la GPU ahí.
Saludos.