Buenas, gracias por la respuesta, al final pude dar con una solución.
Lo primero, el cambio debe hacerse dentro del juego (una vez está ya ejecutándose). Le damos a control y donde pone Analog to Digital Type, marcamos None. Con eso ya no aparecen los botones de los sticks en el menú. Pero con esto no es suficiente. Luego, hay que asignar a los controles Analógicos los del Pad normal (por ejemplo Axis UP – D-Pad-Up, Axis-Down, D-Pad-Down, etc.). Y se podrá manejar sin problemas con el stick izquierdo (el derecho, al menos en mi caso, no he tenido que tocarlo).
Lo único malo es que cada vez que cargas un juego distinto, se pierde la asignación, pero bueno, se tarda cero coma en volver a cargar. No obstante, imagino que tocando algún archivo de configuración se podrá arreglar. Pero como Retroarch es tan inestable en Wii, lo voy a dejar así.
Se me olvidaba, he probado a jugar a dobles así y no hay problemas, pilla los dos mandos de GameCube.
El hilo puede seguir abierto, por si alguien más puede aportar algo.
Gracias a todos. Un saludo.
