Hola.
@uchi23a, suerte ninguna.
La realidad es esa, los SATA de la placa base también pertenecen a una controladora conectada a un bus PCIe, es más, todos los dispositivos lo están, cambiará el bus ya sea PCIe, PCI e incluso ISA, pero eso es otra película para contar.
La única diferencia está en el orden en el que se ejecutan las BIOS de las controladoras, normalmente las integradas en los chipset de las placas se ejecutarán primero directamente dentro del código de la BIOS propiamente dicha, mientras que las ampliaciones lo harán después.
Hay cientos de modelos de placas con varias controladoras SATA e IDE integradas en placa, en muchos casos de diferentes marcas y podrás arrancar desde cualquiera de los puertos sin problemas.
Es mas, el PC que comentaba antes tiene tres conroladoras, una SATA2 propia de Intel, otra Marvell con otros dos SATA2 y un IDE, y la Asus U3S6 SATA3. Puede arrancar desde cualquiera de ellas, o cualquier otra que quisiese instalar.
Lo único que se me ocurre sería que específicamente el fabricante capara la BIOS para que no permitiese seleccionar otra(s) controladora(s) que no fuesen las integradas en la placa base.
Se que hay BIOS de servidor y workstation que lo hacen, para no poder usar una controladora de un fabricante en un servidor de otro (véase una PERC en un HP o una SmartArray en un Dell etc.), pero en el caso del OP estaría descartado ya que monta una placa clónica.
Un saludo.
