Antes de hacer nada, crystaldiskinfo y mira el estado de los parámetros SMART. Si el ruido es un "click-click-click" puede ser indicativo de inicio de fallos.
Yo tuve un disco Samsung o Seagate, ya no recuerdo, que periódicamente se "calibraba" y sin haber transferencia de datos hacía un "click".
Si tienes el ahorro de energía del disco activado es posible que por algún motivo se apague y se despierte, lo cual suena como la turbina de un avión poniéndose en marcha.
Si puedes describir el perfil del sonido, sería de ayuda.
Saludos.