Bueno, acabo de resolver la situación. Los dos sets los tenía en discos duros distintos, ambos estaban en .zip, uno con imágenes creadas con el clonecd y el otro con el nero. El set hecho con el nero, trae un archivo .cue y varios .bin, el juego y las pistas de audio, el set hecho con el clonecd, trae cuatro archivos, el .cue, .img, .ccd y .sub.
El problema viene por parte de los emuladores a la hora de leer algo que no sea iso+cue o iso+mp3.
Probé con el neoraine, el raine, el FBA y el MAME y nada, hasta que me dio por editar un .cue del set del clonecd... y es que los cue llamaban al archivo de imagen .iso en vez de .img... así que nada, arreglado, ahora con el raine me va todo genial!.
Muchas gracias a ambos.