Eso... no debería ocurrir. Diría que es un fallo de diseño por parte de EK, por asumir que los tornilos no tienen restricción en cuanto al fondo.
Otras placas de Asus (como la Rampage) permiten desmontar los laterales del socket por completo para anclar disipadores con tornilos pasantes como en socket 1366:
https://rog.asus.com/articles/guides/gu ... v-extreme/ , pero si no me equivoco en tu placa ese sistema no existe.
Por la pinta de las fotos, parece que lo de los orificios es un plástico sin más utilidad, pero personalmente optaría por cortar los tornilos con una dremel o similar antes que meter el taladro en zonas tan delicadas de la placa. Si no te va el tema del bricolaje, puedes usar los tornillos de anclaje que vendían para adaptar sus viejas series:
https://www.ekwb.com/shop/ek-cpu-easy-m ... 011-nickel junto con una arandela y una tuerca M4.
Te adelanto que eso no debería de ocurrir. Yo tengo ahora mismo un EK supremacy (que tiene el otro sistema de anclaje, con pasadores como los del enlace), con los agujeros de la placa ciegos, y no he tenido problema.
También probaría a contactar con el soporte de EK, con las mismas fotos que has posteado, a ver qué solución te dan. Al fin y al cabo, el fallo es suyo.
Saludos